住房保障服務中心設9個內設機構：

一、辦公室

協調局機關政務工作。負責機關文電、綜合調研、會務、機要、檔案、政務公開、督查督辦、政務協調、宣傳信息、安全保密工作；負責行政后勤和接待工作；負責綜合治理、治安保衛、消防等工作。

二、人事股

負責局機關和所屬單位的機構編制、人事調配、人員管理、勞動工資、社會保險和職稱評聘報批工作，職工培訓教育。

三、財務股

管理全局財務財產、計劃和綜合統計工作；管理全局事業資金收支和行政事業性收支；負責全局經濟核算、國有資產管理、費用審核、財務人員培訓；負責對各項資金使用情況實行內部審計監督。

四、工會

負責職工培訓教育、計劃生育工作，協同行政部門辦好職工集體福利事業，做好職工療休養工作及勞動安全保護工作。

五、經營管理股

管理全市城鎮國有直管公房的產權，確定直管公房的租賃價格和租金基數，并負責組織、監督其租金收繳工作；協助處理國有直管公房的租賃糾紛；負責直管公房的出售工作；參與直管公房的拆遷改造；負責局屬各房管所發生的經濟合同的審查把關；負責全局房屋新建、改建和修繕工程的規劃設計及工程預決算、工程質量、安全生產等工作；參與本市行政區域內土地使用權出讓方案的擬定，負責土地二、三級市場的經營管理工作。

六、法制股

負責全局依法治理和法制宣傳教育工作，組織開展房地產行政執法并進行指導、監督；負責有關房地產行政管理規范性文件的起草、報批工作；負責信訪接待、提案辦理工作；調處各類房地產糾紛，審核房地產相關合同、協議及行政執法各類文書。

七、黨建辦

及時掌握中央、省、市黨委精神，在全中心范圍內開展好黨建工作；負責負責黨的建設、黨員學習培訓，指導基層黨組織開展黨內政治生活；配合開展好上級組織部門提出的各類主題活動；及時提出新的黨建工作思路，打造地區黨建亮點；

八、紀檢監察室

承擔局機關及所屬單位的紀律檢查和行政監察的日常工作。

九、深化改革辦公室

負責組織開展全中心全面深化改革重大問題的政策研究，統籌協調有關方面提出的改革工作方案和措施，提出中心中長改革規劃建議，協調督促有關方面落實深化改革領導小組的決定事項，工作部署和要求承擔深化改革領導小組日常有關工作。